
A Polícia Federal constatou e fotografou em investigações a morte por atropelamento de vários animais, inclusive uma jaguatirica, principalmente no trecho da estrada ligando a Reserva Biológica do Tinguá e a APA (Área de Proteção Ambiental) de Petrópolis.
A empresa é acusada de não construir passagens para os animais cruzarem a pista com segurança e de também não ter apresentado o relatório de impacto ambiental, como está previsto no contrato de concessão entre o governo federal e a empresa. As mortes de animais são mais freqüentes no trecho entre os municípios de Petrópolis e Duque de Caxias.
Estão sendo processados os engenheiros Pedro Antônio Jonsson e Ricardo Salles de Oliveira, que são diretores da Concer; e Márcia Fragoso Soares, coordenadora ambiental da Concer. Os três e a pessoa jurídica da Concer são acusados de crimes ambientais previstos nos artigos 21, 40 e 68 da Lei 9.605/98 : causar dano direto ou indireto às unidades de conservação e deixar, aquele que tiver o dever legal ou contratual de fazê-lo, de cumprir obrigação de relevante interesse ambiental.

A concessionária alega que está em dia com seus relatórios ambientais junto à ANTT, possui parceria com o Ibama e a APA de Petrópolis e executa um projeto denominado "Caminhos da Fauna" que visa favorecer a conservação das espécies da mata atlântica.