
Ao lado do mico-leão-preto, que é relativamente mais comum e ocupa uma categoria menos ameaçada, o mico-leão-da-cara-preta é o único de seu grupo a habitar a Mata Atlântica paulista e, ao contrário dos outros micos-leões, ele sofre bem menos com a redução de habitat, porque as florestas onde está equivalem a grandes extensões de mata relativamente bem-preservada.
A equipe da ONG ambientalista IPÊ (Instituto de Pesquisas Ecológicas) vem estudando a espécie desde meados dos anos 1990, pouco depois de ele ter sido descoberto (apesar de viver num estado tão populoso quanto São Paulo, antes disso o animal era desconhecido da ciência). Desde que a equipe começou a acompanhar a espécie, a distribuição dela continua restrita, inalterada. A área que ela ocupa continua a ser basicamente a mesma.

A grande questão é saber se a espécie é realmente mais exigente que seus parentes, precisando de mais espaço vital. Sabe-se que ela prefere a faixa mais litorânea de mata, inclusive algumas áreas de brejo, que apresentam transição com restinga (vegetação costeira). Nas áreas em que seu habitat começa a ter mais elevações, observa-se que ela utiliza muito pouco os trechos mais altos de mata, mesmo quando o terreno elevado responde pela maior parte de habitat disponível. Uma das possíveis explicações para isso é o fato de que a planície litorânea do sul de São Paulo e norte do Paraná é estreita demais, enquanto nos outros locais habitados por micos-leões, como o Rio de Janeiro e a Bahia, ela se estende bem mais para o interior. Como a transição é mais abrupta no território do mico-leão sulista, pode ser que ele não tenha conseguido acompanhar o ritmo da mudança e tenha ficado "espremido" nas áreas baixas do litoral.


O esforço dos especialistas do IPÊ já conseguiu tirar o bicho da lista dos 25 primatas mais ameaçados do mundo, mas algumas ameaças sérias continuam. As principais são a extração de palmito e de caxeta (uma madeira de leve, muito apreciada para artesanato), que colocam em risco a Mata Atlântica da região.